溶酶体的形成过程,内质网合成的溶酶体蛋白质进入高尔基体;进行N-连接糖基化，核心糖组分是甘露糖;进行磷酸化，由磷酸转移酶和甘露糖酶催化;TGN，与受体结合;高尔基体形成小泡即为初级溶酶体，与受体解离;酸性磷酸酶去除磷酸基团，形成有活性的酶。

已发现溶酶体内有60余种酸性水解酶(至2006年)，包括蛋白酶、核酸酶、磷酸酶、糖苷酶、脂肪酶、磷酸酯酶及硫酸脂酶等。这些酶控制多种内源性和外源性大分子物质的消化。因此，溶酶体具有溶解或消化的功能，为细胞内的消化器官。

在大鼠肝脏中，从比线粒体分区稍轻的地方得到含有水解酶的颗粒分区，并以可进行水解(lyso)的小体(some)这个意义而命名为溶解体(lysosome;lss)。溶酶体中的酶是酸性磷酸酶、核糖核酸酶、脱氧核糖核酸酶、组织蛋白酶、芳基硫酸醋酶、B-葡糖苷酸酶、乙酰基转移酶等，是在酸性区域具有最适pH的水解酶组。据电子显微镜观察，溶酶体是由6～8纳米厚的单层膜所围着的直径为0.4微米至数微米的颗粒或小泡。由于其形态极其多样化，所以把对酸性磷酸酶活性为阳性的物质鉴定为溶酶体。

溶酶体是细胞内物质降解和信号转导的重要中心之一。溶酶体降解来源于细胞内、外的各种底物，如内吞膜蛋白及小分子物质、凋亡细胞、病原菌和自噬小体等。溶酶体的功能紊乱直接导致70多种溶酶体贮积病，且与神经退行性疾病密切相关。控制细胞代谢的关键激酶mTOR定位于溶酶体上，通过感知细胞的营养状态来调节细胞的生长和代谢。已有研究发现，mTOR可以磷酸化溶酶体生成的转录因子TFEB和TFE3，抑制细胞内的溶酶体生成。